https://www.dokuwiki.org/install:upgrade

Todo el proceso como root:

1. Hacer backup

cd /var/www
tar zcpfv 161006-dokuwiki-backup.tar.gz dokuwiki

2. Descargar última versión estable, descomprimirla y sustituir archivos:

wget https://download.dokuwiki.org/src/dokuwiki/dokuwiki-stable.tgz
tar zxvf dokuwiki-stable.tgz
'cp' -af dokuwiki-xxxx-xx-xx/* /var/www/dokuwiki/
chown -R dokuwiki.www-data /var/www/dokuwiki

3. Borrar archivos que ya no se usen en la nueva versión https://www.dokuwiki.org/install:unused_files

cd /var/www/dokuwiki
grep -Ev '^($|#)' data/deleted.files | xargs -n 1 rm -vf